善導寺開山上人の幡誉萬岌は、師僧の上州館林善導寺（現在の群馬県館林市）の幡随白道の師命を受けて諸国を巡錫（錫杖を持ち、歩いて全国を巡った）し、奥州の郡山善導寺（現在の福島県郡山市）に留まり、次いで秋田満船寺（秋田市土崎）で滞在し、元和2(1616) 年、秋田領大阿仁銀山に光明山善導寺を開創。
ここに住持すること十年、六十二歳で閑居（寺院から離れること）し土崎湊に移住。
秋田藩主二代目佐竹義隆は、萬岌の徳風を讃えて寺地八百坪を与えて一宇を建立し、寛永13（1636）年、総本山知恩院32 世門跡雄誉霊厳上人から【三福山九品院善導寺】の寺号を頂いた。
93 歳の高齢をもって示寂（死去）し、湊と阿仁の両善導寺に分骨埋蔵された。

明治20 年（1887）の大火により本堂が類焼。当時の善導寺第16 世台歓の代に類焼した本堂を当時の檀信徒の寄付寄進により再建。戦後の昭和50 年代までに
伽藍が整理された。特に戦時中の金属供出で失った梵鐘も戦後に第19 世民雄代に再鋳された。

平成6 年に山門を、10 年に本堂大改修・位牌堂増改築。第二十世清明代に法然上人八百年遠忌記念に〔法然上人銅像〕を建立。平成28 年には善導寺会館を再建した。

明治初期に全国を行脚（念仏布教）して歩いたと伝えられている祐存和尚。能代の西福寺漆間雲龍著の【祐存和尚伝記】には善導寺で死去したと記されている。善導寺第15 世川口儀歓は地蔵菩薩が現れる夢をみた。その体験を祐存和尚に話すと、祐存和尚も同じ夢をみたと語り、地蔵信仰に励む由縁となった。また、
亡くなる数日前には儀歓上人と数人の世話役で病に苦しむ祐存和尚の看病中、阿弥陀仏の来迎とおもわしき光明が毎夜みられた。明治11 年旧暦7 月23 日に往生（死去）世寿30 歳。死去後、火葬の際にも阿弥陀仏の光明のような光が照らしたという伝説がある。現在は祐存所縁の寺院五ヵ寺に祐存和尚の等身大の地蔵尊を建立。現在もその【祐存地蔵尊】を信仰する信者たちが毎月23 日に集まり、お念仏を共に称えている。

昭和50 年代善導寺第19 世民雄住職の寺庭（妻）舜教が現在の水子堂近くに白蛇の抜け殻（または死骸）を発見し、その場所に埋めた。後日「水子の霊を鎮めてほしい」というお告げをいただく夢をみた舜教は民雄住職に懇願し、【三福水子地蔵尊】を建立。現在も全国各地より水子供養の依頼が尽きない。

元文3（1738）年の善導寺第六世岌存の代に、秋田藩主五代目義峯が土崎の海で船遊び中、海中から仏像を拾得して寄進（寺院に授けること）。現在も寺宝として保管されている。

年代は不明であるが、秋田寺町當福寺より寄贈（譲り受ける）された浄土観経曼荼羅の掛け軸と釈迦涅槃図の掛け軸である。現在は本堂の左内陣に掛けられている。

年代は不明。二十五菩薩と阿弥陀如来の来迎が描かれた掛け軸である。寺宝のなかでは最も古いものと推測される。

宗祖法然上人筆と言い伝えがあるが定かではない御名号の掛け軸。現在は展示しておらず、寺院で厳重に保管されている。

制作年代は不明であるが、當山16 世台歓代に再表具されている。

浄土宗の開祖である法然は、日本における浄土教の展開させた先駆者である。法然は自らを凡夫と自覚し数ある修行がある中、全ての民衆が救済される方法して「南無阿弥陀仏」とただひたすら称える【称名念仏】を選択した。

西方極楽浄土を統べる仏。阿弥陀如来。四十八ある誓願の中で、我が名を称える者は一人も漏らさず極楽浄土へ救うという誓いをたてた。このみ教えから法上人が浄土宗を開く由縁となった。

数多く存在するお経の中から、「無量寿経」「観無量寿経」「阿弥陀経」の三経を【浄土三部経】という。